Pilotaże powinny stać się trwałą metodą projektowania, testowania i inicjowania zmian prawnych w działaniu samorządów terytorialnych.
Zwłaszcza w sytuacjach, gdy końcowy efekt planowanej modyfikacji nie jest oczywisty. Pozwolą na nieobarczone istotnymi ryzykami poszukiwanie formuły wspólnot stale dostosowujących się do realiów i wyzwań współczesnych czasów. Zaletą przedsięwzięć pilotażowych jest możliwość sprawdzania zmian, których wprowadzenie na skalę ogólnokrajową jest trudne, a budowanie poparcia dla tych innowacji ma charakter wieloletni. Pozwala na kontynuację przedsięwzięcia niezależnie do zmian politycznych. Eksperyment administracyjny oferuje badanie trafności i przydatności nowych rozwiązań na małej liczbie samorządów, które same zgłosiły akces do przedsięwzięcia. Wspomoże budowanie nowych, partnerskich relacji pomiędzy władzami centralnymi a samorządem oraz wyszukiwanie lokalnych liderów zmian.
Paroletni pilotaż może być oparty o czasowe ustalenie innych zasad działania dla małej grupy samorządów i pewnego wycinka ich działalności. Obowiązujące regulacje zostaną czasowo zastąpione specjalnymi przepisami. Te odstępstwa dotyczyłyby sposobu, w jaki wspólnoty organizują swoją działalność i wykonują zadania, podziału zadań pomiędzy szczeblami samorządu terytorialnego czy sposobu monitorowania przez administrację rządową wybranej dziedziny funkcjonowania JST. Pilotaże nie mogą ingerować w podstawowe uprawnienia samorządów i rozwiązania dotyczące ich ustaw ustrojowych, a także odnosić się do kwestii praw obywatela.
Techniczne aspekty pilotażu powinny być przedmiotem ustaleń pomiędzy właściwym ministerstwem a uczestniczącymi w nim samorządami. Przed ostatnim rokiem obowiązywania programu Rada Ministrów będzie ustawowo zobowiązana do opracowania wstępnego sprawozdania oraz przedłożenia propozycji zmian, które płyną z doświadczeń zdobytych w trakcie pilotażu. Uczyni to możliwym płynne przejście od pilotażu do trwałych rozwiązań ustrojowych. Zaletę pilotaży dla wdrażania zmian w funkcjonowania samorządów potwierdzają 25-letnie doświadczenia krajów skandynawskich, m.in. w ten sposób wprowadzano tzw. Eksperyment wolnych wspólnot (ang. Free Commune Experiment), którego efektem było zwiększenie samodzielności samorządów.